本所奉教育部 90 年 2 月 22 日台（九 0）高（一）字第 90022768 號函核定籌設，正式招生於民國 91 年 8 月 1 日，成立時所名為「海洋資源管理研究所」，隸屬於本校生命與資源科學學院，核准教師員額為 4 員，招收碩士新生 10 名，所館位於綜合一館 402 室及借用環漁系 203 室做為老師研究室。首任所長劉光明教授由本校環漁系改聘，以及聘任對外漁業合作發展協會王世斌博士為本所專任助理教授，92 學年度莊慶達教授由本校應用經濟研究所改聘本所，94 學年度增聘中山大學邱文彥教授為本所專任教授，94 學年度與環漁系借用 310 室做為老師研究室，自此本所教師 4 員均已聘足、教學空間也獲得改善。另應本校教學單位調整架構奉教育部 94 年 3 月 10 日台高（一）字第 09400190013 號函核准，本所由生命與資源科學學院改隸海洋科學與資源學院（原理學院更名）。
